La colaboración que busca ECOCIENCIA para la elaboración de proyectos científicos medioambientales se centra en primer lugar en Universidades donde haya promoción de Licenciados en Ciencias Ambientales. Esta titulación es reciente en España y está ahora en pleno desarrollo. De esta manera, ECOCIENCIA y su Presidente BEN BEECKMANS, licenciado en Ciencias Ambientales ha tenido como colaborador a la Universidad Autónoma de Barcelona, la primera Universidad española con licenciados en Ciencias Ambientales. En este momento, el único proyecto realizado y los que están en fase de realización son el fruto del trabajo de colaboración entre ECOCIENCIA y el CENTRE D´ESTUDIS AMBIENTALS de la Universidat Autònoma de Barcelona.

También se está preparando en la actualidad un proyecto con la Universitat de les Illes Balears.